La plage du Parc Nature est majoritairement composée de sable fin. À l’est, elle s’étend jusqu’au niveau du premier stationnement, donc à l’entrée du parc. Vers l’ouest, elle forme avec les dunes une flèche littorale qui s’avance dans l’estuaire de la rivière aux Outardes tout en protégeant son vaste marais salé de l’énergie des vagues .Le haut de plage est boisé vers l’est. La pente de la plage est relativement faible. À marée basse, une très vaste batture se découvre pouvant atteindre jusqu’à 4 km vers le large lors des basses mers inférieures de grandes marées (BMIGM).

Le littoral de l’estuaire et les zones infralittorales abritent environ 70 espèces de plantes de bord de mer, soit 20 espèces d’algues vertes, 30 d’algues brunes et 23 d’algues rouges. La péninsule de Manicouagan comprend un herbier d’envergure (14,63 km2), qui est le plus grand de la Côte-Nord (Martel et al., 2009) et le troisième du système laurentien. Cet herbier est monospécifique, c’est-à-dire qu’il est composé d’une seule plante vasculaire, la Zostère marine. Ce dernier est réparti en trois secteurs distincts : la batture aux Outardes, la baie Saint-Ludger et la portion comprise entre les pointes Manicouagan et Lebel (Mark et al., 2010; Provencher et Deslandes, 2012). Selon les données récentes, la zostéraie Manicouagan serait toujours en croissance, contrairement à la tendance internationale de diminution des superficies de zostères.

De façon générale, l’estuaire maritime abrite de nombreux crustacés et mollusques. Le Buccin est un mollusque gastéropode abondant sur les fonds sableux de la zone infralittorale. On retrouve également le Couteau droit, la Littorine (Bigorneau), la Macome baltique, la Mactre de Stimpson, le Mesodesme arctique, la Moule bleue, le Pétoncle d’Islande, la Balane, le Bernard-l’ermite, le Crabe des neiges, le Crabe commun, la Crevette blanche, la Crevette grise de sable, les Gammares, les Mysis, le Dollar de sable, plusieurs espèces d’étoiles de mer, des concombres de mer, des vers marins et l’Oursin vert.

Les battures sablonneuses des rivières aux Outardes et Manicouagan, dont la largeur varie de 2 à 4 km, supportent la plus vaste communauté de Myes communes du Québec. Par endroits, on compte plus de 40 individus/m², et la productivité moyenne est d’environ 0,70 kg/m2, bien qu’elle puisse atteindre par endroits 0,8 kg/m2 près de Betsiamites (densités surpassant 100 individus/m²). Ce secteur est inclus depuis 2003 dans les limites de la réserve aquatique projetée de Manicouagan.

Le capelan, le lançon, l’éperlan, la grosse poule de mer et le hareng atlantique comptent parmi certaines des espèces de poissons qui y frayent. Il est intéressant de mentionner la présence passée –supposée – de frayères d’Esturgeon noir. La plupart des 13 espèces de mammifères marins qui fréquentent l’estuaire du Saint-Laurent y sont également observés.